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聯(lián)想辦公電腦HPC的發(fā)展為生命科學(xué)研究突破瓶頸
摘要 : 中國醫療行業(yè)突飛猛進(jìn),需要更多的民營(yíng)企業(yè)家,給跟多的支持,讓中國的民族品牌越來(lái)越多,發(fā)展越來(lái)越強勝。小編(北京正方康特)帶領(lǐng)大家看一下中國品牌聯(lián)想是如何做到的。
中國醫療行業(yè)突飛猛進(jìn),需要更多的民營(yíng)企業(yè)家,給跟多的支持,讓中國的民族品牌越來(lái)越多,發(fā)展越來(lái)越強勝。聯(lián)想辦公電腦代理商(北京正方康特)帶領(lǐng)大家看一下中國品牌聯(lián)想是如何做到的。
提到基因測序,大家可能會(huì )想到高精尖的科研院所,但這跟普通人有什么關(guān)系嗎?事實(shí)是,關(guān)系真的很大!由于基因記錄和控制著(zhù)遺傳信息的表現,基于基因層面的“精準醫療”,能夠幫助治療各種先天性疾病、腫瘤癌癥等。
近日,更是傳來(lái)令人振奮消息,第三代基因測序儀研發(fā)取得階段性成果。相比二代,其價(jià)格下降了10倍,速度提升了10倍,并且能在幾個(gè)小時(shí)內生成報告。對于普通人來(lái)說(shuō),以后只需要花費幾百元,就可以享受消費級基因數據解讀與個(gè)性化的健康服務(wù)了。
『 成果可喜;技術(shù)挑戰依然任重道遠 』
雖然,基因測序技術(shù)的研究成果可喜。但是,依然面臨著(zhù)計算量大、極端耗時(shí),需要超高速和超大內存的超級計算集群以及組裝質(zhì)量可靠性低、測序錯誤率高等技術(shù)挑戰。
如何攻克這三大難題,大幅度提高三代技術(shù)的市場(chǎng)競爭力,讓基因測序惠及更多人,成為眾多廠(chǎng)商、科研人員及從業(yè)者關(guān)心的問(wèn)題。
7月1日,以“開(kāi)啟E級計算新篇章”為主題的2016聯(lián)想全球超算峰會(huì ),在北京隆重召開(kāi)。在教育、科研、醫療行業(yè)分會(huì )場(chǎng),來(lái)自清華大學(xué)醫學(xué)院高性能計算中心、北京諾禾致源生物信息科技、藥明康德新藥開(kāi)發(fā)等公司和Mellanox的專(zhuān)家就基因行業(yè)HPC(高性能計算)應用話(huà)題進(jìn)行深入的交流和探討。
『 基因測序的突破;離不開(kāi)HPC 』
從基因測序中的蛋白質(zhì)分析,到醫學(xué)轉化的精準醫療,都離不開(kāi)高性能計算和大數據分析。在基因序列測序過(guò)程中,首先需要用電鏡自動(dòng)采集和實(shí)時(shí)存儲基因蛋白質(zhì)分子的圖像,然后使用計算機對圖像進(jìn)行預處理和設置操作,進(jìn)行2D和3D重構,并輸出結果。
而基因測序的醫學(xué)轉化,則需要利用高通量測序平臺對人類(lèi)不同個(gè)體或群體進(jìn)行全基因組測序,并在個(gè)體或群體水平上進(jìn)行生物信息分析。全面挖掘DNA水平的遺傳變異,為篩選疾病的致病及易感基因, 研究發(fā)病遺傳機制和預防治療方案提供重要信息。
在蛋白科學(xué)研究和發(fā)展中出現了兩大技術(shù)革命,一個(gè)是直接電子探測器的發(fā)明,它的出現讓數據采集規模提升了100倍。同時(shí),在電鏡圖形質(zhì)量上有了質(zhì)的飛躍,并且在速度上大幅提高,還可以以電影的形式快速記錄電鏡圖像。有了快速電影記錄,研究人員就可以追蹤圖像漂移軌跡而對圖像做運動(dòng)矯正和輻射損傷矯正,大大提高數據質(zhì)量。
另一大技術(shù)革命就是高分辨率圖像處理算法的改進(jìn),它能夠進(jìn)行大規模的并行計算,并且擁有極高的精度、準度和收斂性。然而,這兩大技術(shù)革命在為蛋白質(zhì)科學(xué)研究帶來(lái)跨越式進(jìn)步的同時(shí),也帶來(lái)了數據處理和計算規模的臨界點(diǎn)。
HPC的發(fā)展為生命科學(xué)研究突破瓶頸,提供了強有力的支撐。以采用了聯(lián)想System x3950 X6八路服務(wù)器解決方案的清華大學(xué)醫學(xué)院高性能計算中心為例,單臺服務(wù)器采用8顆Intel至強E7 CPU,內存可按需靈活擴展。同時(shí),采用聯(lián)想獨有的內存加速技術(shù),從4路到8路,性能提升1.6倍-1.7倍。數十項RAS高可靠性,有效保障數據安全。
『 軟硬結合;聯(lián)想HPC可靠承載重托 』
聯(lián)想新一代智能超算集群管理軟件LiCO,可為HPC用戶(hù)提供簡(jiǎn)便的集群訪(fǎng)問(wèn)權,實(shí)現以更低的軟件和管理成本使用HPC。此外,其“開(kāi)放性”的架構使開(kāi)發(fā)人員或使用用戶(hù),不僅可以根據自身需求對組件進(jìn)行定制選擇,還可以通過(guò)開(kāi)放的軟件接口進(jìn)行二次開(kāi)發(fā),具有很強的可擴展性。在計算任務(wù)運行時(shí)間緊迫,分秒必爭的情況下,實(shí)現高效計算,提高單位時(shí)間的計算任務(wù)吞吐量,并保證大規模計算任務(wù)的穩定調度和運行。
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除了計算與管理,指數級的數據增長(cháng)帶來(lái)的數據存儲與管理挑戰、數據存儲要求不同帶來(lái)的異構存儲管理挑戰,同樣十分嚴峻。清華大學(xué)醫學(xué)院高性能計算中心采用的是FEI TITAN KRIOS 300千伏透射電鏡,4臺Titan電鏡手工模式下,每天的存儲容量約為28TB,每年的存儲容量約為10.2PB,三年累計數據超過(guò)30PB。聯(lián)想大容量分布式存儲池,可為大規模的測序數據進(jìn)行量身定制,實(shí)現注釋、過(guò)濾和可視化的數據展現,同時(shí)非常好地實(shí)現數據的共享和隔離。
對生命的探索沒(méi)有盡頭。未來(lái),基因技術(shù)將會(huì )帶領(lǐng)行業(yè)發(fā)展大爆發(fā),帶來(lái)無(wú)法估量的價(jià)值。HPC的發(fā)展,能夠讓這些看起來(lái)高精尖的技術(shù),更快的應用到我們的生活。
聯(lián)想在不斷的努力為國家各行業(yè)付出的,北京正方康特作為京津冀大客戶(hù)聯(lián)想代理商,我們是驕傲的,同時(shí)我們給大客戶(hù)提供更完善的服務(wù),聯(lián)想商務(wù)辦公電腦定制解決方案。
本文由聯(lián)想辦公電腦代理商北京正方康特信息技術(shù)有限公司推薦,轉載請注明出處??!正方康特公司目前的主營(yíng)業(yè)務(wù)有IT硬件產(chǎn)品的銷(xiāo)售,主要是聯(lián)想臺式電腦、聯(lián)想筆記本、聯(lián)想一體機電腦、聯(lián)想服務(wù)器、網(wǎng)絡(luò )產(chǎn)品、存儲產(chǎn)品、外設等,核心合作產(chǎn)品以聯(lián)想品牌為主。咨詢(xún)聯(lián)想電腦報價(jià)有意者可直接撥打電話(huà):010-62559028或加我QQ:1364544170,正方康特隨時(shí)歡迎您的光臨!!
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